A hatékony ellenőrzést az alábbi módszerek segítségével lehet végrehajtani:

-    a vezető beosztású dolgozók tevékenységének részeként folyamatosan elvégzendő vezetői ellenőrzés,
-    a munkafolyamatba épített ellenőrzés,
-    függetlenített belső ellenőrzés.

Vezetői ellenőrzés

A vezetői ellenőrzés eszközei az alábbiak:

-    a kötelezettségvállalási, utalványozási, ellenjegyzési, aláírási jog gyakorlása,
-    a jogszabályok és vezetői döntések végrehajtásával kapcsolatos szakmai, pénzügyi – gazdasági és más információk, a rendszeres vagy eseti statisztikai és egyéb adatok elemzése, értékelése,
-    a beosztott vezetők és dolgozók rendszeres és eseti beszámoltatása a feladatok meghatározásáról és teljesítéséről, az intézkedések végrehajtásáról,
-    közvetlen tapasztalatok szerzése céljából  a munkahelyeken végzett helyszíni ellenőrzés,
-    a belső ellenőrzési rendszer folyamatos vizsgálata és fejlesztése.

A munkafolyamatba épített ellenőrzés

A munkafolyamatba épített ellenőrzésnek a munkafolyamatok valamennyi szakaszára ki kell terjednie.

A szervezet vezetőjének rendelkezni kell:
-    az adott munkafolyamatban az ellenőrizendő munkafázisok (ellenőrzési pontok) kijelöléséről,
-    az ellenőrzés módjának meghatározásáról,
-    arról, hogy a következő munkafázis az ellenőrzés teljesítése nélkül nem kezdhető meg,
-    hiányosság észlelése esetén az elvégzendő teendőkről.

Függetlenített belső ellenőrzés

A függetlenített belső ellenőrzés során vizsgálni kell:
-    az ellátott feladatok és az ellenőrzött szerv jogi, gazdálkodási formájának, kapacitásának összhangját,
-    az alap- és kiegészítő tevékenységek ellátását és annak módját,
-    a rendelkezésre álló pénzeszközök felhasználását,
-    a létszám és bérgazdálkodást,
-    a tárgyi eszközök kihasználását, fenntartását és fejlesztését, az egyéb erőforrások felhasználását,
-    a saját bevételek alakulását, azok feltárására, növelésükre tett intézkedések hatását, a követelések nyilvántartásának szabályszerűségét és beszedését,
-    a kötelezettségvállalások megalapozottságát,
-    az intézményi működés szabályozottságát,
-    az éves beszámoló és az eredmények valódiságának kimunkálását, szabályszerűségét,
-    a számviteli előírások betartását.

Az ellenőrzés
-    átfogó, téma-, cél- és utóellenőrzés lehet,
-    irányulhat a szabályszerűség és/vagy a hatékonyság vizsgálatára,
-    lefolytatható előzetesen, egyidejűen vagy utólagosan.

Átfogó ellenőrzés keretében kell a vizsgált szervnél meghatározott időszak alatt végzett szakmai feladatok és a költségvetési gazdálkodást jellemző folyamatok együttes, egymással összefüggésben történő ellenőrzését elvégezni.
Témaellenőrzést kell tartani, ha az adott feladatot egy időben több szervezeti egységnél indokolt ellenőrizni abból a célból, hogy a vizsgálat eredményeként általánosítható következtetéseket lehessen levonni, és ennek megfelelő intézkedéseket lehessen tenni.

Célellenőrzést kell végezni, ha a szervezeti egységnél egyedi téma, feladat kivizsgálása válik szükségessé.

Utóellenőrzést kell tartani, ha valamely előzőleg végrehajtott ellenőrzés megállapításai és javaslatai alapján indokolt a megtett intézkedések teljesítésének és azok hatásának vizsgálata.

Szabályszerűségi ellenőrzést kell elrendelni, ha a jogszabályok és belső szabályzatok, vezetői rendelkezések megtartásának vizsgálata szükséges.

Hatékonysági vizsgálatot kell lefolytatni annak megítélésére, hogy a vizsgált rendszer működése alkalmas-e a lehető legkisebb ráfordítással a lehető legnagyobb eredményt elérni, rámutatva azokra a tervezési, szabályozási, szervezési, fejlesztési, ösztönzési intézkedésekre, amelyekkel e követelmény elérhető.

Előzetes ellenőrzésnek minősül az az ellenőrzés, amelyet
- a munkafolyamatba épített ellenőrzéskor a munkafolyamat egyes szakaszaiban végeznek a pénzügyi-gazdasági eseményt megelőzően,
-    a döntéshozatal elősegítése érdekében rendelnek el.

Egyidejű ellenőrzés az az ellenőrzés, amelyet a pénzügyi-gazdasági esemény végrehajtásával párhuzamosan kell elvégezni.

Utólagos ellenőrzés a pénzügyi-gazdasági esemény végrehajtását követően elrendelt ellenőrzés.